شاهین بوشهر یک باشگاه حرفه‌ای فوتبال در شهر بوشهر، ایران می‌باشد. باشگاه خلیج فارس در تاریخ ۱۱ اردیبهشت ۱۳٢٩ در محله بهمنی بوشهر تأسیس شد و ١٣ سال بعد در سال ۱۳۴۲ با تأکید و حمایت دکتر اکرامی موسس باشگاه شاهین تهران و با پیگیری عبدالمحمد پوربهی و علی توکلی با مجوز رسمی به نام شاهین بوشهر تغییر نام یافت. در دهه ۴۰ بدلیل مسائل سیاسی وقت و دستور انحلال شاهین، چند سالی با نام شهباز و پس از آن با نام تابان بوشهر ادامه فعالیت داد و سرانجام پس از انقلاب مجدداً با نام شاهین بوشهر حضور خود را در فوتبال ایران دنبال کرد.

این باشگاه در سال ۱۳۸۶ تحت پوشش سازمان انرژی اقتصادی پارس قرار گرفت و به نام شاهین پارس جنوبی بوشهر تغییر نام داد. این تیم پس از سالها حضور در دسته‌های پایین‌تر فوتبال ایران سرانجام در فصل ۱۳۸۷–۸۸ با پیروزی ۱–۰ مقابل شهرداری تبریز در پلی آف برای اولین بار به لیگ برتر فوتبال ایران صعود کرد. پس از آن این تیم ۳ فصل در لیگ برتر حضور داشت تا اینکه به لیگ دسته اول و طی سالیان بعدی به لیگ استانی بوشهر سقوط کرد. شاهین بوشهر در سال ۱۳۹۸ با عبدالله ویسی به لیگ برتر صعود کرد.

این تیم در سال ۱۳۷۳ در سطح اول فوتبال ایران که آن سال‌ها لیگ دسته اول جام آزادگان نام داشت و در دو گروه ۱۲ تیمی دنبال می‌شد حضور پیدا کرد و پس از یکسال مجدداً به دسته پایین‌تر سقوط نمود. شاهین چند سال بعد و در سال ۱۳۷۹ به لیگ استان بوشهر سقوط کرد، اما فصل بعد و در روز پایانی در حالی که حمید کللی فرد را به عنوان سرمربی روی نیمکت داشت، با دوگل قائدپوری و دشتی، پرسپولیس برازجان را برد و به لیگ منطقه‌ای رسید. سال ۱۳۸۱ نیز در روز آخر لیگ منطقه‌ای باشگاه‌های کشور با تک گل قائدپوری و مجدداً با رهبری کللی‌فر، وحدت آبادان را پشت سر گذاشت و راهی لیگ دسته دوم شد. سال ۱۳۸۲ در لیگ دسته ۲ باشگاه‌های کشور با مدیریت محمد نجفی و مربی‌گری محمد عباسی و محمد شفیعی و ولید صفری در روز آخر با تک گل ایمان دشتی از سد کاوه گذشت و به دسته اول صعود کرد و ازسال ۸۳ تا ۸۶ نیز در دسته اول بود. در این دوره محمد نجفی توانست این باشگاه مردمی را صاحب سبک و در فوتبال کشور به جایگاه خاصی برسند در همین سال باشگاه به خوابگاه و سامانه اداری مجهز گردید. این تیم از سال ۱۳۸۶ تحت پوشش سازمان انرژی اقتصادی پارس قرار گرفت و به نام پارس شاهین جنوبی بوشهر تغییر نام داد. شاهین در فصل ۱۳۸۷–۸۸ با پیروزی مقابل شهرداری تبریز در پلی‌آف به لیگ برتر فوتبال ایران صعود کرد. تیم فوتبال شاهین بعد از سه فصل حضور در لیگ برتر ایران در فصل یازدهم به دسته اول لیگ ایران (لیگ آزادگان) سقوط کرد. سپس در فصل ۹۲–۱۳۹۱ به لیگ دسته دوم فوتبال ایران سقوط کرد. در فصل بعد این تیم به دلیل مشکلات مالی در مسابقات شرکت نکرد؛ و سرانجام در فصل ۹۴–۱۳۹۳ پس از حضور ناموفق در لیگ دسته سوم فوتبال ایران به لیگ استان بوشهر سقوط کرد.